Záhadná komtesa Beatrix vypráví příběh z časů, pro něž se v Čechách vžil název doba pobělohorská. Bylo to období krutého pronásledování lidí jiného vyznání, vynucené přetvářky, neomalených lží a děsivých represí, jež jsou v našich dějinách vždy nerozlučně spjaty s vládou cizinců. Přesto i v těchto dobách temna si dokázaly najít cestu ke světlu takové vzácné úkazy, jako je láska, soucit či vědomí lidské sounáležitosti. Polyxena z Lobkovic, katolička tělem i duší, žena nejvyššího kancléře Českého království Zdeňka Vojtěcha Popela z Lobkovic, neváhá podat pomocnou ruku těm, kdo to zoufale potřebují, ať jsou to katolíci, anebo protestanti. Její odvaha, s jakou po léta skrývá svou chráněnku Beatrix, dceru vůdce protestantských rebelů hraběte Jindřicha Matyáše Thurna, nicméně přináší lobkovickému domu řadu nesnází.