Od vpádu Oročimarua do Konohy a Sasukeho útěku uplynuly už více než dva roky. Naruto se se svým mistrem po náročném tréninku vrací do rodné vesnice a zjišťuje, že ani ostatní nezaháleli. Každý z bývalých studentů nindža akademie ušel velký kus cesty a jsou dnes nesrovnatelně silnější než dřív. Jenže nejsou sami. Ani tajemní Akacuki nezaháleli a zdá se, že jejich pečlivě připravovaný plán se blíží vyvrcholení. Kdesi v tajném úkrytu navíc Oročimaru pokračuje v přípravách na ovládnutí Sasukeho těla.